در تاریخ ۳ مهر ۱۳۹۱ در بخش شوط شهرستان ماکو توسط نیروهای امنیتی بازداشت شد. وی حدود یک ماه در بازداشتگاه اداره اطلاعات این شهر برای انجام اعترافات اجباری تحت فشار و شکنجه قرار گرفت و پس از آن به زندان مرکزی ماکو منتقل شد.

در تاریخ ۳ آبان ۱۳۹۲ از سوی شعبه اول دادگاه انقلاب اسلامی خوی به اتهام «محاربه»^۱ از طریق عضویت در حزب حیات آزاد کردستان ( پژاک)^۲ و با استناد به مواد ۱۸۶ و ۶۱۰ قانون مجازات اسلامی به «نفی بلد و تبعید» به شهرستان برازجان به مدت ۲۰ سال محکوم شد.
در ماده ۱۸۹ قانون مجازات اسلامی آمده است که راه اثبات اتهام «محاربه» اقرار متهم با قصد و اختیار است و با وجود این که در دادنامه نهایی این پرونده مشخصاً ذکر شده که متهم «در بازداشتگاه اداره اطلاعات ماکو تحت شکنجه مجبور به اقرار علیه خود شده است»، و در چنین شرایطی دیوان عالی کشور قانوناً موظف به بررسی ادعای متهم در خصوص شکنجه است، اما هیچ توجهی به این مورد نشد.

در تاریخ ۱۰ آذر ۱۳۹۳ رای صادره از سوی دادگاه بدوی در شعبه ۱۴ دیوان عالی کشور عیناً تایید و برای اجرای حکم تبعید به زندان برازجان منتقل شد. این در حالی است که به گفته خانواده وی، در دادنامه‌های صادره از طرف دادگاه انقلاب اسلامی و دیوان عالی کشور تنها «نفی بلد و تبعید» به مدت ۲۰ سال ذکر شده و مجازات دیگری مبنی بر حبس ذکر نشده است.

به نظر می‌رسد مسئولان امنیتی و قضایی با استناد به بخشی از رای دادگاه که در آن تاکید شده است که «متهم در دوره تبعید حق مراوده و معاشرت با دیگران را ندارد»، اقدام به حبس غیرقانونی وی در زندان برازجان کرده‌اند. در حالی که علاوه بر ایرادات اساسی به روند بازداشت، شکنجه، اعترافات اجباری و رسیدگی حقوقی به این پرونده، نداشتن حق مراوده و معاشرت با دیگران در دوران تبعید نمی‌تواند دلیل قانونی برای حبس دوباره متهم باشد. چرا کە در هیچ یک از مجازات‌های چهارگانه «محاربه» و «افساد فی‌الارض» در بخش نفی بلد به حکم زندان اشاره نشده است.

مظفر سکانوند اواخر سال ۱۳۹۳ از زندان مرکزی ماکو به زندان برازجان تبعید شد.

۱. ماده ۲۷۹ قانون مجازات اسلامی: «محاربه، عبارت از کشیدن سلاح، به قصد جان، مال یا ناموس مردم یا ارعاب آنها است، به نحوی که موجب ناامنی در محیط گردد». بر اساس ماده ۲۸۲ قانون مجازات اسلامی، «چنانچه شخصی، مرتکب جرم محاربه شود، به انتخاب قاضی، به صلب، اعدام، قطع دست راست و پای چپ یا نفی بلد، محکوم خواهد شد.»

۲. حزب حیات آزاد کردستان (پژاک) در سال ۱۳٨۳ در کوهستان قندیل در نوار مرزی اقلیم کردستان عراق با کردستان ایران تاسیس شد. این حزب از افکار عبدالله اوجالان، رهبر دربند حزب کارگران کردستان (پ‌ک‌ک) پیروی می‌کند و پارادایم «جامعه دمکراتیک و اکولوژیک مبتنی بر آزادی زن» را مبنای فعالیت‌های خود اعلام کرده است.

آن‌گونه که در اساس‌نامه این حزب آمده، پژاک ایجاد سیستم کنفدرالیسم دمکراتیک و فرم سیاسی خودمدیریتی دموکراتیک برای سازماندهی مردم به منظور برساختن «ملت دمکراتیک» را از اهداف بنیادین خود می‌داند. پژاک همچنین در سال ۱۳۹۳ در تاسیس سیستم «جامعه آزاد و دمکراتیک شرق کردستان (کودار)» مشارکت کرد. مقر اصلی این حزب در نواحی کوهستانی بین اقلیم کردستان عراق و کردستان ایران است.