حبیب لطیفی در هنگام بازداشت دانشجوی سال آخر رشته مهندسی صنایع در دانشگاە ایلام بود.

در تاریخ ٢ آبان ١٣٨٦ توسط ماموران امنیتی در خیابان ادب سنندج بازداشت و به بازداشتگاه اداره اطلاعات این شهر منتقل شد. او در زمان نگهداری در سلول انفرادی این بازداشتگاه برای اخذ اعترافات اجباری تحت شکنجه‌ قرار گرفت.
مهدی ملاولی (حجت ملاولی) از مسئولان وقت اداره کل اطلاعات استان کردستان در شکنجه حبیب‌ نقش اساسی داشت. 

او پس از حدود ۳ ماه به زندان مرکزی سنندج منتقل شد.

تیر ١٣٨٧ با کیفرخواست صادره از سوی محمدرضا امجدی، دادستان عمومی و انقلاب سنندج، به اتهام «محاربە»^۱ از طریق همکاری و هواداری موثر از حزب حیات آزاد کردستان (پژاک)^۲ و گروه‌های معارض نظام در شعبه اول دادگاه انقلاب اسلامی سنندج به ریاست قاضی حسن بابایی مورد محاکمه قرار گرفت. 

جلسه دادگاه وی در تاریخ ١٠ تیر ١٣٨٧ برگزار و به اعدام محکوم شد. این حکم در تاریخ ١٠ بهمن ١٣٨٧ از سوی شعبه ۴ دادگاه تجدیدنظر استان کردستان عینا تایید شد.

 برابر قانون آیین دادرسی کیفری، احکام سنگینی همچون اعدام و حبس ابد تنها در دیوان عالی کشور قابل تجدیدنظرخواهی و فرجام‌خواهی است، اما در زمان صدور حکم اعدام برای حبیب لطیفی و بر خلاف رویه همیشگی، رای وحدت رویە شماره ٧٠٣-٩/٥/١٣٨٦ از سوی هیات عمومی دیوان عالی کشور تصویب شده بود کە مطابق آن، صلاحیت رسیدگی بە درخواست تجدیدنظر نسبت به هر نوع حکم صادرە از سوی دادگاەهای انقلاب اسلامی به محاکم تجدیدنظر استان محول شد. در این دوره برخی از احکام سنگین زندانیان سیاسی کردستان، همچون احسان فتاحیان، زینب جلالیان و حبیب لطیفی، در محاکم تجدیدنظر استان مورد رسیدگی قرار گرفت. این رای وحدت رویه پس از چند سال و به دلیل اعتراضات گسترده حقوق‌دانان و وکلای مدافع لغو و مجددا خود دیوان عالی کشور مسئول رسیدگی بە احکام سنگین صادر شده در حوزە اتهامات حدود، اتهاماتی که مجازات آنها در قرآن درج شده است، شناخته شد. اما این مسالە موجب ابطال نظر تاییدی دادگاه تجدیدنظر استان کردستان در مورد حکم اعدام حبیب لطیفی یا رسیدگی مجدد به آن در دیوان عالی کشور نشد.

با وجود اشکالات حقوقی فراوان در پرونده، درخواست اعاده دادرسی صالح نیکبخت، وکیل وی، از طرف علی‌اکبر گروسی، رئیس کل دادگستری استان کردستان، رد شد. 

پس از چند نوبت تعیین زمان برای اجرای حکم و تعویق آن در نتیجە واکنش‌های گسترده افکار عمومی در داخل کشور و نهادهای بین‌المللی و حقوق بشری  در خارج از کشور، نهایتا در سال ١٣٩۶ حکم اعدام وی با یک درجه تخفیف به حبس ابد تبدیل شد.

حبیب لطیفی هم‌اکنون در زندان مرکزی سنندج به سر می‌برد. وی در سال ۱۴۰۰ پس از تحمل ۱۴ سال حبس برای اولین بار به مرخصی استعلاجی اعزام شد. 

وی به دلیل اعمال شکنجه در زمان نگهداری در بازداشتگاه اداره اطلاعات سنندج و همچنین طولانی شدن مدت حبس به بیماری‌های مختلفی همچون فتق، سندروم حاد التهاب روده تحریک‌پذیر و آسم مبتلا شده است. با وجود تایید رسمی پزشکی قانونی استان کردستان در دو نوبت و در فواصل چند ساله مبنی بر عدم توانایی تحمل حبس و وجود خطر جانی در صورت تداوم نگهداری در زندان، به دلیل مخالفت و ممانعت اداره کل اطلاعات استان کردستان و بر خلاف قانون، همچنان در زندان به سر می‌برد. 

ـ پس از ارجاع پرونده به اجرای احکام دادسرای سنندج، تاریخ ٤ دی ١٣٨٩ برای اجرای حکم اعدام تعیین و به وکیل مدافع وی، صالح نیکبخت، ابلاغ شد. رسانەای شدن خبر اجرای قریب‌الوقوع حکم اعدام حبیب لطیفی واکنش گسترده مردمی را در پی داشت، به نحوی که شماری از مردم و فعالین کرد در شب منتهی بە بامداد ٤ دی ١٣٨٩ در مقابل زندان مرکزی سنندج تجمع و خواستار توقف اجرا و لغو این حکم شدند. متعاقب آن و با تصمیم شورای تامین امنیت استان کردستان اجرای حکم متوقف شد. با این وجود تا سال ١٣٩٢ اجرای احکام دادسرای سنندج مجددا زمان‌هایی را برای اجرای حکم تعیین کرد که هربار به دلیل نگرانی از واکنش اجتماعی، فرآیند اجرا متوقف و به تعویق افتاد.

ـ پس از اولین توقف اجرای حکم بنا به تصمیم شورای تامین استان در تاریخ ٤ دی ١٣٨٩، شمار زیادی از مردم در شب ٥ دی ١٣٨٩ برای تبریک به منزل خانواده لطیفی مراجعه کردند کە ماموران امنیتی با حمله به منزل آنان اقدام به بازداشت اکثر اعضای خانواده و برخی از مهمانان کردند.

ـ محمدرضا امجدی، دادستان وقت سنندج، اصرار فراوانی بر اجرای حکم اعدام داشت و شخصا چندین نوبت با مراجعه به پزشکی قانونی و انجام کارهای اداری مربوطه، در پی اجرای هرچه سریع‌تر آن بود.

۱. ماده ۲۷۹ قانون مجازات اسلامی: «محاربه، عبارت از کشیدن سلاح، به قصد جان، مال یا ناموس مردم یا ارعاب آنها است، به نحوی که موجب ناامنی در محیط گردد». بر اساس ماده ۲۸۲ قانون مجازات اسلامی، «چنانچه شخصی، مرتکب جرم محاربه شود، به انتخاب قاضی، به صلب، اعدام، قطع دست راست و پای چپ یا نفی بلد، محکوم خواهد شد.»

۲. حزب حیات آزاد کردستان (پژاک) در سال ۱۳٨۳ در کوهستان قندیل در نوار مرزی اقلیم کردستان عراق با کردستان ایران تاسیس شد. این حزب از افکار عبدالله اوجالان، رهبر دربند حزب کارگران کردستان (پ‌ک‌ک) پیروی می‌کند و پارادایم «جامعه دمکراتیک و اکولوژیک مبتنی بر آزادی زن» را مبنای فعالیت‌های خود اعلام کرده است.

آن‌گونه که در اساس‌نامه این حزب آمده، پژاک ایجاد سیستم کنفدرالیسم دمکراتیک و فرم سیاسی خودمدیریتی دموکراتیک برای سازماندهی مردم به منظور برساختن «ملت دمکراتیک» را از اهداف بنیادین خود می‌داند. پژاک همچنین در سال ۱۳۹۳ در تاسیس سیستم «جامعه آزاد و دمکراتیک شرق کردستان (کودار)» مشارکت کرد. مقر اصلی این حزب در نواحی کوهستانی بین اقلیم کردستان عراق و کردستان ایران است.