در مرداد ۱۴۰۱ توسط نیروهای امنیتی در بوکان بازداشت و پس از چند هفته نگهداری در یک بازداشتگاه امنیتی در ارومیه به زندان مرکزی این شهر انتقال یافت. وی پس از یک ماه به بند زنان کانون اصلاح و تربیت شهر سنندج منتقل و به مدت چند ماه به صورت روزانه در بازداشتگاه اداره اطلاعات این شهر مورد بازجویی قرار گرفت.

وی پس از حدود ۶ ماه بازداشت با قرار وثیقه به صورت موقت از زندان آزاد شد.

در دی ۱۴۰۱ از سوی شعبه ۱۰۱ دادگاه کیفری بوکان به اتهام «عضویت در گروه‌های معارض»، «فعالیت تبلیغی علیه نظام»^۱ و «تمرد از مامور دولتی»^۲ مجموعا به ۷ سال حبس محکوم شد. بر اساس قانون «تجمع احکام»^۳، اشد این مجازات یعنی ۵ سال حبس قابل اجرا است.

این حکم پس از درخواست «تسلیم به رای»^۴ به ۳ سال و ۸ ماه حبس تبدیل شد.

ژیلا هژبری در اوایل بهمن ۱۴۰۲ برای اجرای حکم حبس روانه بند زنان کانون اصلاح و تربیت سنندج شد. وی در خرداد ۱۴۰۳ تحت نظارت با پابند الکترونیک آزاد شد.

۱. ماده ۵۰۰ قانون مجازات اسلامی: «هرکس علیه نظام جمهوری اسلامی ایران یا به نفع گروه‌ها و سازمان‌های مخالف نظام به هر نحو فعالیت تبلیغی نماید، به حبس از سه ماه تا یک سال محکوم می‌شود.»

۲. ماده ۶۰۷ قانون مجازات اسلامی: «هرگونه حمله یا مقاومتی که با علم و آگاهی نسبت به مأمورین دولت در حین انجام وظیفه آنان به عمل آید تمرد محسوب می‌‌شود و مجازات آن اگر متمرد به قصد تهدید اسلحه خود را نشان دهد حبس از شش ماه تا دو سال؛ اگر متمرد در حین اقدام دست به اسلحه برد، حبس از یک تا سه سال و در سایر موارد حبس از سه ماه تا یک سال است.»

۳. ماده ۱۳۴ قانون مجازات اسلامی: «در فرض تعدد جرم، فقط مجازات اشد مندرج در دادنامه قابل اجرا است و نوبت به سایر مجازات‌ها نمی‌رسد، مگر مجازات اشد به یکی از علل قانونی تقلیل یابد یا تبدیل شود یا به موجبی از قبیل گذشت شاکی خصوصی، نسخ مجازات قانونی یا مرور زمان غیر قابل اجرا گردد، که در این صورت مجازات اشد بعدی اجرا می‌شود.»

۴. در مواردی که فرد حکم صادره از طرف دادگاه بدوی را قبول و از حق اعتراض به آن و تجدیدنظرخواهی صرف‌نظر کند، مشمول قانون «تسلیم به رای» و تخفیف در مجازات خواهد شد.